Rozszerzenie stref ekonomicznych, z założenia mające na celu ułatwianie procesu inwestycyjnego, będzie prowadziło, w sytuacji braku planów zagospodarowania przestrzennego na ogromnej większości obszarów wiejskich, do niekontrolowanego przejmowania gruntów rolnych. Konieczne jest zatem wzmocnienie mechanizmów ochrony gruntów rolnych w sytuacji, gdy podmiot gospodarczy będzie chciał korzystać z rozwiązań prawno-podatkowych dla stref ekonomicznych. Zdaniem samorządu rolniczego aktualne rozwiązania w zakresie ułatwień inwestycyjnych na terenie stref ekonomicznych nie chronią gruntów rolnych, zwłaszcza najwyższych klas bonitacyjnych.
Ponadto rozszerzenie stref ekonomicznych pogorszy pozycję prawną rolników – podmiotów prowadzących działalność rolniczą w związku z nowym sąsiedztwem. Już w chwili obecnej rolnicy są nękani przez inwestorów zajmujących tereny rolnicze (uciążliwość zapachowa, hałas, stosowanie nawozów i środków ochrony roślin, transport pojazdów rolniczych po drogach publicznych itp.) z wykorzystaniem obowiązującego prawa, głownie Kodeksu cywilnego, Prawa ochrony środowiska, Ustawy o odpadach, czy Prawa wodnego.
Samorząd rolniczy wnioskuje o wprowadzenie zmian, głównie do Ustawy o planowaniu przestrzennym, obligujących organy gmin do wprowadzania zapisów gwarantujących rolnikom prowadzącym gospodarstwa rolne tzw. Prawo pierwszeństwa, na wzór rozwiązań stosowanych m.in. w Austrii lub w Niemczech. Obecnie brak takich rozwiązań skutkuje asymetrią prawną na niekorzyść rolników w zderzeniu z Inwestorami. Objęcie całego kraju SSE spotęguje to zjawisko i może doprowadzić wręcz do likwidacji wielu gospodarstw lub do istotnego ograniczenia możliwości prowadzenia działalności rolniczej – bez możliwości uzyskania odszkodowań lub rekompensat.