Do ww. dostaw nie będzie miało zastosowania zwolnienie od podatku, o którym mowa w art. 43 ust.1 pkt 16 ustawy o VAT, dotyczy ono bowiem wyłącznie dokonywanych przez podatnika nieodpłatnie (w rozumieniu podatku od towarów i usług) przekazań towarów, w tym przypadku darowizn żywności przekazywanych na rzecz organizacji pożytku publicznego na warunkach określonych w tym przepisie. Natomiast ww. zwolnienie od podatku VAT nie dotyczy dostaw towarów za wynagrodzeniem, a takimi właśnie są przedmiotowe dostawy owoców i warzyw w zamian za środki finansowe otrzymane z unijnej pomocy finansowej.
Natomiast tzw. rolnicy ryczałtowi, którzy dokonują dostaw produktów rolnych pochodzących z ich własnej działalności rolniczej (a więc również w ramach bezpłatnej dystrybucji dla organizacji charytatywnych w zamian za wsparcie udzielane na podstawie ww. Rozporządzeń Komisji) nie będą odprowadzać podatku VAT z tytułu takich dostaw, rolnicy tacy korzystają bowiem ze zwolnienia od podatku VAT.
Resort Finansów podkreśla, iż w przypadku innych czynności, za wykonywanie których podatnicy otrzymują unijną pomoc finansową na podstawie ww. Rozporządzeń, takich jak wycofanie z rynku do celów innych niż bezpłatna dystrybucja (np. w celu zniszczenia), niezbieranie plonów i zielone zbiory, nie stanowią odpłatnej dostawy towarów i odpłatnego świadczenia usług, a także żadnej innej czynności wymienionej w art. 5 ust. 1 ustawy o VAT. Do czynności tych nie mają zatem zastosowania przepisy o podatku od towarów i usług, w związku z powyższym ww. czynności nie podlegają opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.