Mikroorganizmy glebowe czerpią z nawozów naturalnych energię, dlatego powstające związki próchnicowe odznaczają się dużą aktywnością biologiczną. Są antagonistami fitopatogenów, szybko namnażają się i dlatego poprawiają właściwości fitosanitarne gleb. Substancje próchniczne dzięki swoim właściwościom sorpcyjnym, odgrywają istotną rolę w ochronie środowiska glebowego, bo chronią przed skutkami skażenia odpadami przemysłowymi oraz przed następstwami nadmiernej chemizacji rolnictwa.
Poziom próchnicy w polskich glebach zmniejsza się z roku na rok. Przez ostatnie dekady wielkie rolnictwo wyciskało z ziemi maksymalne plony dzięki nawozom mineralnym. Niestety coraz częściej słyszy się, że mimo odpowiedniego dawkowania plony spadają. Przyczyną jest właśnie słaby wskaźnik poziomu próchnicy. Znając rodzaj gleby i zawartość w niej materii organicznej, można ustalić przybliżoną zawartość uwalnianego podczas sezonu azotu mineralnego. Gleba ciężka o zawartości próchnicy 1,8-2,2% uwalnia w okresie wegetacji około 70 kg/ha azotu mineralnego a gleba lekka około 90 kg/ha. Wiedząc to rolnik może dobrać dawki nawozów mineralnych, ale trzeba wiedzieć ile tej próchnicy w glebie jest!
Od wieków wiadomo, że nawozy naturalne są najlepszym dobrem dla upraw. Skuteczne gospodarowanie nawozami naturalnymi w dzisiejszych czasach też się rozwinęło. Wiąże się z oszacowaniem wielkości produkowanych odchodów przez zwierzęta i analizą składu takiego nawozu (obornika, gnojowicy, gnojówki) w celu uzyskania precyzyjnej informacji na temat zawartości makro i mikroelementów. Nawozy wyprodukowane od bydła, trzody czy drobiu różnią się składem chemicznym. Wpływ na to ma system utrzymania, wiek zwierząt oraz rodzaj i ilość paszy. Otrzymany nawóz dla poszczególnego gospodarstwa będzie posiadał indywidualny udział procentowy pierwiastków: N, P, K, Mg, Ca itp. i składników odżywczych. Bardzo ważny z punktu widzenia środowiska jest sposób przechowywania odchodów. Z jednej strony niewłaściwie ich przechowywanie powoduje duże straty składników odżywczych, które mogą sięgać aż 50%. Z drugiej strony nieodpowiednie przygotowane miejsca składowania może powodować przedostawanie się pierwiastków biogennych do gleby a dalej do wód powierzchniowych.
Natomiast racjonalne wykorzystanie nawozów mineralnych w gospodarstwie jest możliwe dzięki nowoczesnym rozwiązaniom, które przynosi nam technika. Mowa tu o rolnictwie precyzyjnym. Dzięki nawigacji satelitarnej (precyzja prowadzenia maszyny) i możliwości zmiennego dawkowania nawozów (mapowanie plonów) rolnik może zastosować nawożenie w myśl „tyle ile potrzeba” i przy okazji zminimalizować nakłady. Dzięki precyzyjnemu dawkowaniu nawozów mineralnych wzrasta stopień ich wykorzystania przez rośliny. Taki sposób uprawy w dużym stopniu przyczynia się do ograniczenia odpływu zanieczyszczeń ze źródeł rolniczych.