Ustawa określa organy właściwe do prowadzenia, wszczętych przed dniem wejścia w życie ustawy, postępowań niezakończonych decyzją ostateczną, oraz innych postępowań prowadzonych na podstawie ustaw zmienianych. W sprawach sądowych, sądowo-administracyjnych, administracyjnych lub egzekucyjnych, w których stroną lub uczestnikiem są organy znoszonych Agencji, stroną lub uczestnikiem staną się, stosownie do swojej właściwości, Krajowy Ośrodek albo Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, lub odpowiednie ich organy terenowe.
W art. 49 ustawa zobowiązuje ministra właściwego do spraw rozwoju wsi, do powołania, w terminie 3 dni od dnia wejścia w życie art. 49 ustawy, Pełnomocnika do spraw utworzenia Krajowego Ośrodka Wsparcia Rolnictwa, zwanego dalej: „Pełnomocnikiem”. Celem działania Pełnomocnika będzie zorganizowanie Krajowego Ośrodka, w tym przygotowanie propozycji w zakresie siedzib oddziałów terenowych i biura Krajowego Ośrodka, podejmowanie czynności związanych z przejmowaniem przez Krajowy Ośrodek i Agencję Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa praw i obowiązków, w tym mienia Agencji Nieruchomości Rolnych i Agencji Rynku Rolnego, oraz czynności związanych z uregulowaniem stosunków pracy z pracownikami Agencji Nieruchomości Rolnych i Agencji Rynku Rolnego.
W zakresie spraw pracowniczych, Prezes Agencji Rynku Rolnego oraz Prezes Agencji Nieruchomości Rolnych, w terminie 7 dni od dnia wejścia w życie art. 49 ustawy, przekażą Pełnomocnikowi albo Prezesowi Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, imienne wykazy pracowników znoszonych Agencji. W terminie do dnia 31 maja 2017 r. Pełnomocnik albo Prezes Agencji zaproponuje pracownikom, na piśmie, zatrudnienie w Krajowym Ośrodku albo w Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa. W terminie miesiąca od dnia otrzymania propozycji, pracownicy zostali zobowiązani do złożenia oświadczenia o przyjęciu albo o odmowie przyjęcia zaproponowanych warunków zatrudnienia. Pracownicy, którzy złożyli oświadczenie o przyjęciu zaproponowanych warunków zatrudnienia, staną się z dniem 1 września 2017 r. odpowiednio pracownikami Krajowego Ośrodka albo Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa.
Pracownikom, którym w terminie do dnia 31 maja 2017 r. nie zostanie zaproponowane zatrudnienie, stosunek pracy wygaśnie w dniu 31 sierpnia 2017 r. Taki sam skutek nastąpi w stosunku do pracowników, którzy odmówią przyjęcia zaproponowanych warunków zatrudnienia. Jednakże w przypadku wygaśnięcia stosunku pracy, albo w przypadku wcześniejszego rozwiązania za wypowiedzeniem stosunku pracy z dotychczasowymi pracownikami Agencji Nieruchomości Rolnych i Agencji Rynku Rolnego, pracownikom przysługiwać będzie odprawa pieniężna ustalana na zasadach określonych w przepisach ustawy z dnia 13 marca 2003 r. o szczególnych zasadach rozwiązywania z pracownikami stosunków pracy z przyczyn niedotyczących pracowników (Dz. U. z 2016 r. poz. 1474).
Ustawa wejdzie w życie z dniem 1 września 2017 r., z wyjątkiem przepisów dotyczących m.in. powołania i działania Pełnomocnika do spraw utworzenia Krajowego Ośrodka Wsparcia Rolnictwa, przejęcia wskazanych w ustawie akt spraw, rejestrów, spisów, wykazów, ewidencji i baz danych przez Krajowy Ośrodek albo Agencję Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, które wchodzą w życie z dniem następującym po dniu ogłoszenia ustawy.