Departament Leśnictwa MŚ wyjaśnia, że wysokość odszkodowania ustala się mnożąc rozmiar szkody przez cenę danego artykułu rolnego. Jeśli nie jest prowadzony skup, wówczas rozmiar szkody jest mnożony przez cenę rynkowa z ostatecznego dnia szacowania szkody w rejonie powstania szkody. Wysokość odszkodowania pomniejsza się też o koszty zbioru, transportu i przechowywania, które nie zostały poniesione. Dodatkowo, w przypadku, gdy uprawa wymaga zaorania, należy ją pomniejszyć zgodnie z wartościami ustalonymi w paragrafie. 5 punkt 1 ww. rozporządzenia.
Pomniejszenie wyliczonego odszkodowania o koszty zbioru, transportu i przechowywania, które nie zostały poniesione, dotyczy zarówno upraw ze zniszczeniem całkowitym, jak i ze zniszczeniem częściowym. Wyliczenie tych kosztów wiąże się każdorazowo z ustaleniem przez szacującego zakresu prac, jakie byłyby wykonane podczas normalnego procesu, gdyby szkoda nie wystąpiła. Zakres niewykonanych czynności szacujący powinien ustalić indywidualnie dla danej szkody.
Ustalona w ostatecznym procesie szacowania kwota odszkodowania jest formą ugody między stronami postępowania. W przypadku kwestionowania wysokości odszkodowania, należy kierować sprawę do rozstrzygnięcia w drodze mediacji przed właściwym terytorialnie organem gminy. Jeśli kompromis nie zostanie osiągnięty, wówczas pozostaje droga sądowa.