Zgodnie z ww. instrukcją Regionalni Dyrektorzy Ochrony Środowiska wydali zarządzenia na podstawie art. 56a ustawy o ochronie przyrody dotyczące ograniczenia populacji bobrów, obejmujące swoim zasięgiem tereny obwodów łowieckich wchodzących w skład poszczególnych Zarządów Okręgowych PZŁ. Redukcja populacji ma w głównej mierze dotyczyć obszarów, w których szkody powodowane przez bobry są najbardziej dotkliwe m.in. tam, gdzie zwierzęta to uszkadzają wały przeciwpowodziowe czy urządzenia melioracyjne. Ma to z jednej strony zapewnić większe bezpieczeństwo obywateli i ich dobytku, a z drugiej zwiększyć akceptację ochrony tego gatunku. W ramach zarządzeń przewidziano do odstrzału ok. 27 000 bobrów w całej Polsce w okresie 3 lat.
Oczekuje się więc, iż obecne uregulowania prawne dadzą możliwość zarządzania liczebnością i rozmieszczeniem populacji bobra europejskiego w kraju, przy dotrzymaniu warunku zachowania populacji we właściwym stanie ochrony, wynikającego z dyrektywy Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory (Dz. Urz. UE. L .1992206.7).
W związku z tym GDOŚ przekazał, że przeniesienie bobra europejskiego z kategorii gatunków chronionych do gatunków łownych nie jest obecnie rozważane.
Tym niemniej GDOŚ podkreślił, że obecne przepisy nie ograniczają możliwości otrzymania odszkodowania w zależności od rodzaju mienia, w którym została wyrządzona szkoda (z wyłączeniem mienia należącego do Skarbu Państwa). Wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego z dnia 3 Iipca 2013 r., sygn. akt P 49111 zostało zniesione ograniczenie odpowiedzialności Skarbu Państwa do szkód bobrowych wyrządzonych wyłącznie w gospodarstwie rolnym, leśnym lub rybackim. Kolejny Wyrok Trybunału Konstytucyjnego, z dnia 21 lipca 2014 r., sygn. akt K 36/13, zniósł ograniczenie możliwości otrzymania odszkodowania za szkody wyrządzone przez pozostałe gatunki zwierząt wymienione w art. 126 ustawy o ochronie przyrody do szkód wyrządzonych w wybranym rodzaju mienia.