W Kanadzie obowiązują mniej rygorystyczne normy dotyczące dobrostanu zwierząt, niż te stosowane w UE. Nadzór nad producentami mięsa jest znikomy, w przeciwieństwie do rynkowej presji na prowadzenie hodowli możliwie najniższym kosztem. Przyjęcie CETA umożliwiłoby Kanadzie eksport mięsa podchodzącego od zwierząt hodowanych w takich warunkach, wobec czego polscy producenci musieliby rywalizować z wytwórcami stosującymi mniej kosztowne praktyki.
Ponadto, w Kanadzie obowiązują odmienne dopuszczalne poziomy pestycydów. Komisja Europejska zakazała stosowania niektórych substancji czynnych z grupy neonikotynoidów, które w Kanadzie są dopuszczone do stosowania. Zakaz stosowania neonikotynoidów to wzrost kosztów produkcji (konieczność stosowania większej liczby zabiegów i ŚOR) i mniejsza konkurencyjność polskich producentów rzepaku względem rynku kanadyjskiego, a także unijnego, ze względu na wprowadzenie przez niektóre kraje UE czasowych zezwoleń na stosowanie neonikotynoidów w rzepaku.
Obawy samorządu rolniczego wzbudza też fakt, że Kanada jest jednym z trzech największych producentów żywności zmodyfikowanej genetycznie na świecie. Nie jest też wymagane obowiązkowe oznakowanie pozwalające na rozpoznanie takiej żywności, które obowiązuje w UE. Szczególne obawy polskich rolników budzi uprawa i sprzedaż genetycznie zmodyfikowanych jabłek w Kanadzie. Umowa CETA pozwoli na zwiększenie eksportu jabłek do Europy, co uderzy głównie w Polskę, gdzie produkcja jabłek jest największa w UE.
W Kanadzie obowiązuje także 15 wykazów dozwolonych dodatków do żywności, które mogą być umieszczane na etykiecie jako nazwa zwyczajowa zastosowanego środka barwiącego (np. barwnik spożywczy zamiast zieleń trwała FCF), których stosowanie w UE jest ograniczone, a w niektórych państwach zakazane. Unijne wymogi dotyczące etykietowania są bardziej restrykcyjne niż te obowiązujące w Kanadzie.
Zróżnicowane podejścia do wielu kwestii dotyczących rolnictwa będzie wymuszało współpracę w zakresie regulacji prawnych, co uniemożliwi przestrzeganie wysokich norm UE i osłabi je dla celów komercyjnych.
Zarząd Krajowej Rady Izb Rolniczych, będącej krajowym reprezentantem wszystkich rolników uważa, że Kompleksowa umowa gospodarczo-handlowa (CETA) spowoduje zniszczenie rolnictwa w Polsce i w Europie, a co za tym idzie ogromne negatywne skutki ekonomiczne dla Polski. Bezpieczeństwo żywnościowe i obronne są głównym obowiązkiem państwa.