Zawarta w protokole ocena obniżenia dochodu na skutek wystąpienia klęski obejmuje całe gospodarstwo rolne wnioskodawcy, niezależnie od tego, czy klęska dotyczy tylko produkcji roślinnej, czy także zwierzęcej. Niestety, jest to wymóg przepisów unijnych i wielokrotnie zgłaszane przez rolników wnioski o ograniczenie oceny skutków klęski do dziedziny produkcji, w której ona wystąpiła, nie mają szans na realizację. Należy przy tym dodać, że obowiązujące zasady sporządzania protokołu jako stratę w produkcji zwierzęcej przyjmują wyłącznie śmierć zwierzęcia na skutek wystąpienia zjawiska o charakterze klęski (np. powodzi czy uderzenia pioruna). Jeżeli jednak rolnik prowadzący produkcję zwierzęcą w wyniku klęski nie może wyprodukować wystarczającej ilości pasz, to do kosztów poniesionych z tytułu niezebrania plonów może dodać wartość zakupu pasz, o ile zakup ten wynika z ujemnego bilansu paszowego i nie przekracza strat plonów roślin produkowanych w tym gospodarstwie z przeznaczeniem na paszę.
Preferencyjne kredyty nie są jedyną formą pomocy w przypadku wystąpienia klęski. W latach szczególnej ich dotkliwości rząd przyjmuje programy, na mocy których rolnicy mogą ubiegać się o pomoc bezzwrotną, popularnie nazywaną „do hektara”. Jest ona realizowana przez Agencję Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, do której rolnik składa stosowny wniosek. W tym miejscu należy zwrócić uwagę, że skoro załącznikiem do wniosku jest protokół klęskowy, to dane zawarte w tym protokole, np. o powierzchni poszczególnych pól, muszą być całkowicie zgodne z danymi posiadanymi przez ARiMR, a pochodzącymi z wniosku obszarowego. Jeżeli tak nie jest, rolnik wzywany jest do złożenia wyjaśnień. Stwierdzone rozbieżności zwykle wymagają dokonania korekty protokołu i jego ponownej akceptacji przez wojewodę. Może się więc zdarzyć, że procedur tych nie zdąży się przeprowadzić w okresie realizacji programu pomocowego i ostatecznie Agencja nie przyjmie wniosku. To wyjaśnia, dlaczego tak ważne jest podanie przez rolnika do protokołu danych zgodnych z wnioskiem obszarowym. Z tego względu zachęcamy wszystkich rolników, by składając wniosek o dopłaty obszarowe przez internet wydrukowali go i przechowywali chociażby w celu udostępnienia prawidłowych danych komisjom klęskowym.
Mówiąc o zgodności danych pomiędzy wnioskiem obszarowym a protokołem komisji klęskowej należy zwrócić uwagę na jeszcze inne konsekwencje pojawienia się tego protokołu w dokumentacji ARiMR. Jeżeli w wyniku klęski została uszkodzona uprawa, której właściwa kondycja jest istotna z punktu widzenia innych dotacji udzielanych przez Agencję, takich jak np. programy rolnośrodowiskowe czy zazielenienie, to słaba jej kondycja może zostać potraktowana jako niewykonanie zobowiązania. ARiMR uzyska tę informację od samego rolnika składającego wniosek o nadzwyczajną pomoc klęskową. I choć zły stan plantacji będzie potwierdzony przez komisję na protokole będącym w posiadaniu Agencji, nie zwalnia to rolnika z konieczności oddzielnego poinformowania ARiMR, że powodem złego stanu uprawy jest działanie tzw. siły wyższej. Skutkiem złożenia takiego oświadczenia może być nieudzielenie dodatkowych dopłat w roku wystąpienia klęski, jednak niedopełnienie obowiązku poinformowania o sytuacji nadzwyczajnej może skutkować żądaniem zwrotu nawet paroletnich dopłat otrzymanych np. w okresie realizacji programu rolnośrodowiskowego.