Rolnicy rozliczający podatek od towarów i usług z tytułu prowadzonej działalności rolniczej na zasadach ogólnych (tj. rolnicy, którzy są obowiązani do prowadzenia ksiąg rachunkowych oraz rolnicy, którzy zrezygnowali z ww. systemu zryczałtowanego zwrotu podatku) są obowiązani m.in. do wystawiania faktur VAT, prowadzenia ewidencji dla celów tego podatku oraz składania deklaracji podatkowej VAT - 7. Rolnikom tym, zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, co do zasady, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.
Należy jednak zaznaczyć, iż ustawa nie przewiduje możliwości wyboru jedynie częściowego rozliczania się w systemie ogólnym, tj. prowadzenia rozliczeń z tytułu podatku od towarów i usług przy działalności rolniczej w pewnej części działalności wg zasad ogólnych, a w pozostałej części wg zasad funkcjonowania systemu ryczałtowego.
Zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o VAT, podatnikami są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne, wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą, o której mowa w ust. 2, bez względu na cel lub rezultat takiej działalności. Stosowanie do art. 15 ust. 4 ustawy o VAT, w przypadku osób fizycznych prowadzących wyłącznie gospodarstwo rolne, leśne lub rybackie za podatnika uważa się osobę, która złoży zgłoszenie rejestracyjne, o którym mowa w art. 96 ust. 1 ustawy o VAT. Powyższe stosuje się odpowiednio do osób fizycznych prowadzących wyłącznie działalność rolniczą, w innych niż wymienione w art. 15 ust. 4 przypadkach (por. art. 15 ust. 5 ustawy o VAT).
Zaprezentowane przepisy w sposób szczególny i specyficzny dla osób prowadzących wspólne gospodarstwo role formułuje, kto może korzystać ze statusu podatnika podatku od towarów i usług. Działalność rolnicza w ramach gospodarstwa rolnego może być prowadzona przez kilka osób, w tym obojga małżonków, jak również może być ono własnością wspólną, jednak przepisy ustawy o VAT wskazują, iż w odniesieniu do wspólnego gospodarstwa rolnego podatnikiem VAT jest tylko jedna osoba.
Zasadę tę dodatkowo potwierdza przepis art. 96 ust. 2 ustawy o VAT, który stanowi, że w przypadku osób fizycznych, o których mowa w art. 15 ust. 4 i 5, zgłoszenie rejestracyjne może być dokonane wyłącznie przez jedną z osób, na którą będą wystawiane faktury przy zakupie towarów i usług i które będą wystawiały faktury przy sprzedaży produktów rolnych.
Mając na uwadze powyższe przepisy oraz wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego (z dnia 10 sierpnia 2011 r., sygn. akt I FSK 1211/10) w którym stwierdzono, iż niedopuszczalna jest taka konstrukcja prawna, aby w ramach już funkcjonującego gospodarstwa rolnego działało drugie gospodarstwo obecnie nie planuje się zmian w tym zakresie.
Przepisy ustawy o VAT pozwalają, aby spośród małżonków prowadzących wspólne gospodarstwo role, odrębnie np. mąż posiadający „status rolnika ryczałtowego" dokonywał sprzedaży produktów rolnych oraz usług rolniczych, w sytuacji gdy małżonka jako zarejestrowany podatnik VAT dokonywała sprzedaży towarów lub usług, innych niż produkty rolne lub usługi rolnicze.
Powyższe wyjaśnienia nie stanowią interpretacji przepisów w rozumieniu ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. — Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r., poz. 749, z p62n. zm.).
Możliwość uzyskania odpowiedzi na pytania dotyczące konkretnych stanów faktycznych ustawodawca przewidział w ramach instytucji interpretacji indywidualnych. Co więcej możliwość uzyskania interpretacji indywidualnej dotyczy również przyszłych stanów faktycznych, co może mieć istotne znaczenie dla rolników rozważających uruchomienie nowego zakresu działalności i wyboru sposobu jej finansowania.
W przypadku wątpliwości zainteresowanych, co do zakresu stosowania przepisów prawa podatkowego w ich indywidualnych sprawach, w których nie toczy się postępowanie podatkowe lub kontrola podatkowa, przepisy ustawy Ordynacji podatkowej przewidują możliwość uzyskania interpretacji indywidualnej w trybie przewidzianym jej przepisami (art. 14b-14p).
Zgodnie z art. 14b §2 i §3 ustawy Ordynacja podatkowa wniosek o interpretacją indywidualną może dotyczyć zaistniałego stanu faktycznego lub zdarzeń przyszłych. Składający wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej obowiązany jest do wyczerpującego przedstawienia zaistniałego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego oraz do przedstawienia własnego stanowiska w sprawie oceny prawnej tego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego.