Poza niekontrolowanym wzrostem roślinności największym zagrożeniem dla żółwi są drapieżniki – głównie lisy, które rozkopują gniazda w poszukiwaniu jaj.
– Na terenie lęgowisk w obszarze Natura 2000 - Dobromyśl niemal wszystkie niezabezpieczone gniazda są niszczone przez drapieżniki – mówi Adam Stefaniak, leśnik z Nadleśnictwa Chełm, który zajmuje się ochroną żółwich siedlisk. – Młode żółwie są łatwym kąskiem zarówno dla lisów, jenotów czy kun, jak i dla krukowatych. W przyszłości problematyczna może okazać się też niewystarczająca liczba zbiorników wodnych, gdyż obecnie nie pozyskuje się torfu i małych oczek wodnych nie przybywa.
Żółwie błotne przez większość czasu przebywają w wodzie, ich zaobserwowanie nie jest proste. Najłatwiej spotkać samice, które wędrują na lęgowiska w okresie maj – czerwiec. Nie wolno ich wtedy łapać czy podnosić, bo po złapaniu, samica udająca się na lęgowisko wypuszcza wodę, która ma zmiękczyć ziemię przy kopaniu gniazda. W efekcie czego musi z powrotem udać się do zbiornika wodnego, by uzupełnić płyn, a czasem jest to spora odległość wynosząca nawet kilka kilometrów.
Żółw błotny to jedyny rodzimy gatunek żółwia. Ze względu na niewielką populację został wpisany do Polskiej czerwonej księgi zwierząt jako gatunek bardzo silnie zagrożony wyginięciem, już w 1935 r. został objęty ścisłą ochroną. Od kilkunastu lat jest realizowany program ochrony, a jednym z jego liderów jest Poleski Park Narodowy.
Jak podkreśla Anna Krasoń z CKPŚ, nie należy mylić żółwi błotnych z żółwiami czerwonolicymi. Te ostatnie sprowadzano w latach 90-tych ubiegłego wieku z Ameryki Północnej w celach hobbystycznych. Niestety nierzadko zdarzało się, że lekkomyślni właściciele wypuszczali je na wolność, nie biorąc pod uwagę konsekwencji dla środowiska. Obecnie w Europie zostały uznany za groźny gatunek inwazyjny.