W Polsce utrzymuje się zbyt wysoki odsetek stad kur zarażonych salmonellą. Przepisy unijne dopuszczają poziom zakażeń wynoszący 1% dla stad hodowlanych oraz 2% dla stad kur niosek.
Tymczasem w 2010 r. Polska zajęła niechlubne pierwsze miejsce wśród państw UE z odsetkiem zarażonych stad kur hodowlanych na poziomie 2,6%. Odsetek zakażonych stad kur niosek na poziomie 4,5% uplasował nasz kraj na czwartym miejscu. W 2011 roku sytuacja poprawiła się tylko w niewielkim stopniu.
Polska jest potężnym producentem i eksporterem produktów drobiowych. W krajach UE zajmuje czwarte miejsce pod względem produkcji mięsa (10,6% produkcji) i szóste pod względem produkcji jaj konsumpcyjnych (8,5%). Na eksport trafia jedna trzecia produkcji - prawie 33% mięsa i ponad 33%
Kolejne Krajowe programy zwalczania salmonelli, finansowane ze środków unijnych, nie przynoszą pożądanych efektów. Między innymi dlatego, że wchodzą w życie z opóźnieniem. Zamiast 1 stycznia zaczynają obowiązywać w kwietniu albo w maju. Powodem tych opóźnień są długotrwałe uzgodnienia międzyresortowe. Do momentu zatwierdzenia rozporządzeń wykonawczych przez Radę Ministrów nie ma w Polsce podstawy prawnej do wydania decyzji o likwidacji zakażonych stad, nawet jeśli choroba zostanie wykryta. Taka sytuacja obniża skuteczność całego procesu zwalczania salmonelli.
NIK dostrzega wysiłki Głównego Lekarza Weterynarii, który zalecał powiatowym lekarzom pobieranie prób do badań nawet w czasie przerw w obowiązywaniu Krajowych programów. Bez możliwości likwidacji zarażonych stad działania te były jednak nieskuteczne. Zdaniem NIK rozporządzenia w tak ewidentnej sprawie powinien wydawać Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi, tak żeby Krajowe programy zwalczania salmonelli obowiązywały rzeczywiście od 1 stycznia każdego roku.
Kontrola wykazała także, że nie wszystkie stada kur objęte są Krajowymi programami zwalczania salmonelli. Na terenie skontrolowanych 11 Powiatowych Inspektoratów Weterynaryjnych ponad 10% hodowców nie zgłosiło swojej działalności powiatowym lekarzom weterynarii, choć miało taki obowiązek. Lekarze natomiast nie wykonywali obowiązkowych kontroli, które wykryłyby taką działalność. Oznacza to, że 166 hodowli w ogóle nie było objętych nadzorem weterynaryjnym i ochroną przed zakażeniem salmonellą.
W pracy powiatowych lekarzy weterynarii doszło też do innych uchybień. Szczególnie groźne w skutkach było nieinformowanie lekarzy z sąsiednich powiatów o wykryciu zakażenia salmonellą na swoim terenie (nie uczyniło tego 4 na 11 skontrolowanych powiatowych lekarzy).