Powodem opóźnień w wydawaniu niektórych decyzji są przede wszystkim sytuacje związane z tzw. wnioskami transferowymi. Dotyczy to na przykład przypadków śmierci rolnika i przekazania gospodarstwa. Dodatkowym czynnikiem wpływającym na czas oczekiwania były kontrole gospodarstw prowadzone bezpośrednio na miejscu oraz czasochłonna weryfikacja protokołów pokontrolnych.
Istotną kwestią były także odwołania składane przez część rolników, jak również wymiana ortofotomap, czyli zdjęć lotniczych wykorzystywanych do określania powierzchni gruntów kwalifikujących się do dopłat. Wymiana ta objęła około połowy kraju i spowodowała, że niektórzy rolnicy musieli dostarczyć dodatkowe dokumenty potwierdzające prowadzenie działalności rolniczej na danym terenie. W przypadkach, w których dokumentacja dostarczona przez beneficjentów budziła wątpliwości, konieczne było przeprowadzenie dodatkowych kontroli terenowych przez inspektorów ARiMR.
Niemniej jednak przedstawiciele agencji zaznaczają, że liczba takich sytuacji jest marginalna w porównaniu do ogólnej liczby beneficjentów, którzy złożyli wnioski o płatności. Cały proces wypłat środków przebiega więc generalnie sprawnie, a rolnicy mogą oczekiwać kolejnych decyzji już wkrótce.