Każdy organizm składa się z tysięcy różnych białek, które są mu niezbędne do życia. Na przykład, człowiek ma ich ponad 20 tys. Jedna czwarta z nich nie została jeszcze przebadana, więc nie wiemy do czego służą. Zapewne nie prędko się dowiemy. Badania zupełnie nieznanych dotąd białek są bardzo ryzykowne i trudno zdobyć na nie fundusze.
Istnieje ryzyko, że włożona praca i zainwestowane pieniądze nie przyczynią się do żadnego odkrycia. Dr hab. Krzysztof Pawłowski z Katedry Doświadczalnictwa i Bioinformatyki Wydziału Rolnictwa i Biologii Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie zaryzykował i odniósł sukces! Polskiemu zespołowi badawczemu, którym kierował, udało się zdobyć grant na badania nieznanego dotąd białka. W skład zespołu weszła doktorantka Monika Karasiewicz-Urbańska z Samodzielnego Zakładu Biologii Mikroorganizmów Wydziału Rolnictwa i Biologii SGGW, dr hab. Róża Kucharczyk z Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN, dr hab. Małgorzata Łobocka z Samodzielnego Zakładu Biologii Mikroorganizmów Wydziału Rolnictwa i Biologii SGGW oraz z Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN, a także doktorantka Sylwia Pilch z Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN. Nieznane białko odkrył właśnie zespół dr. hab. Krzysztofa Pawłowskiego.
Następnie powstał międzynarodowy zespół badawczy połączony z dwóch – polskiego i amerykańskiego, który zajął się badaniem nowoodkrytego białka. Zespołem amerykańskim kierował dr Vincent Tagliabracci z University of Texas Southwestern Medical Center z Dallas w USA i to on jest głównym autorem publikacji w czasopiśmie „Cell”.
Odkrycie białka
Od czego wszystko się zaczęło? Od obserwacji sekwencji białek, czyli ciągu reszt aminokwasowych. Białko to długi łańcuch, który może przyjmować różne kształty. Najczęściej jego kształt kojarzy się ze skręconą serpentyną, ale w rzeczywistości jest znacznie bardziej skomplikowany. Od zawartych w nim aminokwasów i kolejności ich ułożenia zależy to, w jakiego rodzaju „kłębek” białko się zwinie i w jaki sposób będzie działać.
- Żeby ułatwić sobie myślenie o białkach, zapisuje się je w postaci ciągu liter, dlatego że aminokwasów w białkach występuje ok. 20 – wyjaśnia dr hab. Krzysztof Pawłowski. – Każdemu z nich można przyporządkować inną literę. Ciąg aminokwasów w łańcuchu to ciąg liter. W przeciętnym białku tych liter będzie od kilkudziesięciu w najkrótszych białkach do kilku tysięcy – w najdłuższych. Co ciekawe, początki nowych odkryć w biologii białek często rodzą się od „patrzenia” na te długie ciągi liter.
Efektem „obserwacji” ciągów liter prowadzonej metodami bioinformatyki było odkrycie ciekawych własności zupełnie nieznanej dotąd rodziny – selenobiałek O (selO).
- Zaobserwowałem kilka rzeczy” – tłumaczy dr hab. Krzysztof Pawłowski. – „Po pierwsze jest to białko, które bardzo mało zmieniło się, odkąd na ziemi żyli przodkowie ludzi, grzybów, pierwotniaków, bakterii, czyli od bardzo, bardzo dawna. To się dość rzadko zdarza. Zwykle białka zmieniają się w toku ewolucji na tyle mocno, że znalezienie podobieństw jest trudne. Natomiast, jeżeli podobieństwo jest duże, to naturalny wniosek jest taki, że jest to coś bardzo ważnego dla organizmu. Musiały więc być istotne powody, by takie ważne i doskonałe narzędzie nie przekształciło się znacznie w toku ewolucji.
Czytaj dalej na następnej stronie...