Jednym z czynników wpływających na osłabienie plonów jest zbyt intensywna monokultura, czyli wieloletnie prowadzenie upraw na tym samym obszarze tego samego gatunku roślin lub o podobnych wymaganiach glebowych. Monokultura jest zachętą dla szkodników oraz brakiem alternatywy pożywienia dla roślin uprawnych.
Niezwykle ważne są także: erozja gleb oraz narażenie środowiska wodnego na spływające do wody nawozy, powodujące obniżenie zawartości w niej tlenu.
Problemem może okazać się również niewłaściwe użycie pestycydów, np. metyloparationu, który nie może być stosowany w zamkniętym pomieszczeniu.
Aby uniknąć niektórych z wyżej wymienionych czynników utraty upraw warto stosować alternatywne metody zwalczania insektów. Jedne z popularnych metod opierają się na prowadzeniu różnych sposobów upraw – poprzez płodozmian i pułapkowanie uprawy. Wynikiem takiego typu walki z insektami jest ich zwabianie w odległe miejsca od głównych roślin. Bardzo popularne jest również ręczne zbieranie szkodników, działanie światłem, likwidacja stojących wód oraz działanie dwutlenkiem węgla na niektóre gatunki.
Istotną rolę w zwalczaniu szkodników odgrywają również naturalni wrogowie szkodników – drapieżniki, pasożyty i patogeny.
Rolę pestycydów mogą również odgrywać związki biorozkładalne, w które obfituje natura. Mogą także stanowić materiał do otrzymywania środków o wysokiej selektywności. Cennym naturalnym środkiem owadobójczym jest spinosad. Specyfik ten charakteryzuje się małą toksycznością wobec ptaków, ssaków i ryb w porównaniu z innymi pestycydami, nie zagraża także pszczołom i osom. Zwalcza natomiast wiele szkodników bawełny, warzyw, owoców i roślin ozdobnych.
Istotnym działaniem w kierunku naturalnych metod likwidacji szkodników jest również zastosowanie wirusów żyjących w organizmach insektów do niszczenia niektórych gatunków szkodliwych owadów.
Zastosowanie znajdują także środki przeciwdziałające żerowaniu, które wpływają ostatecznie na doprowadzeniu do śmierci głodowej insekta.
Kolejnym sposobem jest wpływanie na ich regulatory wzrostu bądź wykorzystanie ich naturalnych feromonów – sygnałów wysyłanych przez insekty służących do lokalizacji żywności, samicy, samca, miejsca do złożenia jaj itp. Sterując odpowiednio sygnałami można dozować wyniszczanie szkodników.
Z kolei do niszczenia chwastów można zastosować toksyny wyodrębnione z grzybów.