Dodatkowo obszary mogą kwalifikować się do płatności ONW jedynie jeśli występujące ograniczenia naturalne zostaną uznane za znaczące, tj. gdy co najmniej 60% użytków rolnych w obrębie ewidencyjnym/gminie spełnia co najmniej jedno z kryteriów biofizycznych” na poziomie podanej wartości progowej. Z uwagi na fakt, iż gminy w Polsce są zróżnicowane pod względem produktywności gleb (część gminy posiada dobre warunki a inna część skrajnie niekorzystne) wyznaczenie ONW w oparciu o kryteria biofizyczne zostało dokonane dwuetapowo, na poziomie gmin (1 etap) — gdy co najmniej 60% UR w gminie spełnia co najmniej jedno z kryteriów biofizycznych na poziomie podanej wartości progowej oraz obrębów ewidencyjnych (2 etap) — w przypadku gdy gmina jako całość nie spełniała ww. warunku. Drugi etap polegał na weryfikacji, które obręby ewidencyjne w danej gminie spełniają kryteria kwalifikacji do ONW.
Utrata statusu ONW typ nizinny w Polsce przez część obszarów jest wynikiem odejścia od dotychczas stosowanych kryteriów, jakimi były Wskaźnik Waloryzacji Rolniczej Przestrzeni Produkcyjnej (WWRPP) oraz czynniki demograficzne: gęstość zaludnienia w gminie i procent ludności w gospodarstwach rolnych, na rzecz nowych, jednolitych w całej UE kryteriów biofizycznych. Zwracamy na to uwagę, ponieważ w niektórych województwach część obszarów w okresie 2003-2004 została zakwalifikowana do ONW typ nizinny przede wszystkim z uwagi na kryteria demograficzne (niska gęstość zaludnienia). Warunki środowiskowe mierzone wartością wskaźnika Waloryzacji Rolniczej Przestrzeni Produkcyjnej (WWRPP) miały mniejsze znaczenie. Sytuacja taka miała miejsce szczególnie w województwie podlaskim oraz województwie warmińsko-mazurskim. W przypadku kwalifikacji jedynie części obrębów ewidencyjnych w danej gminie do ONW typ nizinny wskaźniki demograficzne nie były brane pod uwagę, a do ONW były kwalifikowane jedynie te obręby ewidencyjne w których wartość WWRPP ≤ 56 punktów.
Kryteria delimitacji ONW typ górski nie uległy zmianie od 2004 r. (pierwsza delimitacja ONW). Do tego typu ONW zalicza się gminy i obręby ewidencyjne, w których zgodnie z numerycznym modelem terenu (DEM) ponad połowa użytków rolnych jest położona powyżej 500 m n.p.m. W obecnym okresie programowania dokonane zostało jedynie uaktualnienie zasięgów tego typu obszarów z uwagi na zachodzące w ostatnich latach zmiany w użytkowaniu gruntów położonych powyżej 500 m n.p.m. Jednocześnie podjęte zostały prace mające na celu umożliwienie zróżnicowania wsparcia na obszarach ONW typ górski i podgórski w zależności od systemu rolnego (obsada zwierząt). Przedmiotowa zmiana w chwili obecnej oczekuje na akceptację służb KE.
W wyniku nowej delimitacji nastąpiło zmniejszenie powierzchni ONW z ograniczeniami naturalnymi (w stosunku do dotychczasowej powierzchni ONW typ nizinny) z 51,5% UR do 46,0% UR. Jednakże w związku z wyodrębnieniem nowej kategorii ONW typ specyficzny strefa I (obszary o walorach przyrodniczo-turystycznych) ogólna powierzchnia ONW w Polsce uległa zwiększeniu z 56,1% UR do 58,7% UR. Ponadto zwiększono, względem poprzedniego okresu, zasięg strefy drugiej ONW tj. strefy z wyższą płatnością. Chcąc zachować dużą dokładność nowych wydzieleń ONW, prace prowadzone były w oparciu o szczegółowe i aktualne dane. IUNG-PIB w oparciu o dane dotyczące klasoużytków oraz warunków klimatycznych dokonał aktualizacji Wskaźnika Waloryzacji Rolniczej Przestrzeni Produkcyjnej (WWRPP), a jego wartość została wyliczona do każdego obrębu ewidencyjnego w Polsce. W trakcie wyznaczania ONW utrzymano dotychczasowe (tj. obowiązujące w okresie 2004-2018) podejście do zróżnicowania stawek w zależności od stopnia ograniczeń naturalnych mierzonych krajowym WWRPP. Do ONW z ograniczeniami naturalnymi strefy | zostały zakwalifikowane obszary z wartością WWRPP powyżej 52 pkt., natomiast do ONW z ograniczeniami naturalnymi strefy Il zostały zakwalifikowane obszary z wartością WWRPP równą lub poniżej 52 pkt. Tereny charakteryzujące się WWRPP poniżej 52 pkt, należą do skrajnie niekorzystnych do prowadzenia produkcji rolnej.