Jak podkreśla resort, Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi zabiegał nie tylko o podniesienie dopuszczalnego poziomu zaliczek na poczet płatności bezpośrednich (tj. ustanowienie odstępstwa od art. 75 ust. 1 akapit trzeci rozporządzenia nr 1306/2013), lecz również o umożliwienie wypłaty zaliczek, nawet w przypadku, gdy nie zostały zakończone kontrole na miejscu (tj. ustanowienie odstępstwa od art. 75 ust. 2 akapit pierwszy rozporządzenia nr 1306/2013). Kwestię tę Minister podejmował zarówno w korespondencji pisemnej z Komisją Europejską, jak i podczas rozmów z Komisarzem ds. Rolnictwa i Rozwoju Obszarów Wiejskich Philem Hoganem. Niemniej jednak Komisja utrzymała w tym zakresie podejście z 2017 r., tj. zwiększyła dopuszczalny poziom zaliczek do 70%, zachowując przy tym zasadę wypłacania zaliczek dopiero po zakończeniu weryfikacji warunków kwalifikowalności, dokonywanej na podstawie art. 74 rozporządzenia nr 1306/2013. Weryfikacja warunków kwalifikowalności obejmuje kontrolę administracyjną oraz - w przypadku gospodarstw ujętych w próbie kontrolnej - również kontrolę na miejscu.
Zgodnie z rozporządzeniem Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 11 października 2018 r. w sprawie zaliczek na poczet płatności bezpośrednich za 2018 r. (Dz. U. poz. 1956), zaliczki na poczet płatności bezpośrednich za 2018 r. były stosowane na maksymalnym dopuszczalnym poziomie, tj. w wysokości 70%. Zaliczki były wypłacane rolnikom, w odniesieniu do których zweryfikowano warunki kwalifikowalności, tj. przeprowadzono kontrole administracyjne i ewentualnie (w przypadku wytypowanych gospodarstw) kontrole na miejscu. Realizację zaliczek rozpoczęto 16 października br., tj. w najwcześniejszym możliwym terminie. Stosowane były one na całym terytorium Polski. Należy ponadto podkreślić, że zaliczki były wypłacane na poczet wszystkich płatności realizowanych w ramach systemu wsparcia bezpośredniego, tj.: jednolitej płatności obszarowej, płatności za zazielenienie, płatności dla młodych rolników, płatności dodatkowej, płatności do krów, płatności do bydła, płatności do owiec, płatności do kóz, płatności do roślin pastewnych, płatności do roślin strączkowych na ziarno, płatności do buraków cukrowych, płatności do ziemniaków skrobiowych, płatności do pomidorów, płatności do truskawek, płatności do chmielu, płatności do lnu, płatności do konopi włóknistych oraz płatności niezwiązanej do tytoniu.
Agencja Restrukturyzacji Modernizacji Rolnictwa ma możliwość wykorzystania pewnych mechanizmów elastyczności w celu zapewnienia sprawnej wypłaty płatności zaliczkowych. Możliwe jest bowiem m.in. wypłacenie zaliczek w ramach niektórych systemów, takich jak system jednolitej płatności obszarowej lub dobrowolne wsparcie związane z produkcją, jeżeli wszystkie kontrole (w odniesieniu do danego rolnika) w przypadku tych konkretnych systemów zostały zakończone.
Jako dobry przykład takiego elastycznego podejścia, MRiRW wskazuje możliwy sposób postępowania w przypadku, gdy rolnik w ramach realizacji praktyki "utrzymywanie obszaru proekologicznego" dokonuje wysiewu międzyplonu ozimego. W takim przypadku harmonogram kontroli na miejscu w ramach weryfikacji warunków kwalifikowalności do jednej z płatności, o które wnioskuje rolnik (a mianowicie do płatności za zazielenienie), mógłby nie pozwolić na zakończenie - przed upływem terminu realizacji zaliczek - weryfikacji warunków kwalifikowalności do wszystkich rodzajów płatności. To całkowicie pozbawiałoby rolnika wytypowanego do tej kontroli zaliczek na poczet płatności bezpośrednich. Jednakże dzięki elastycznemu podejściu rolnikowi temu mogą zostać wypłacone zaliczki na poczet wszystkich tych płatności, w odniesieniu do których zakończono weryfikację warunków kwalifikowalności (bez oczekiwania na zakończenie kontroli związanych z płatnością za zazielenienie).
MRiRW zapewnia, że Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa dołożyła wszelkich starań, aby zaliczki na poczet płatności bezpośrednich za 2018 r. były realizowane sprawnie, nie odstępując przy tym od wymaganej przepisami unijnymi weryfikacji warunków kwalifikowalności. Tak samo jest w przypadku płatności końcowych - Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa realizuje je możliwie szybko i bez zbędnej zwłoki. Z danych przekazanych przez Agencję wynika, że według stanu na dzień 26 marca 2019 r. z tytułu wsparcia bezpośredniego za 2018 r. rolnikom wypłacono prawie 13,3 mld PLN.