Obok niej funkcjonuje również Dyrektywa Ptasia. Obie dyrektywy tworzą podstawę do programu Natura 2000 tworzącego w krajach Unii Europejskiej sieci obszarów w celu zachowania określonych typów siedlisk przyrodniczych i gatunków.
Podstawowym celem Dyrektywy Siedliskowej jest ochrona różnorodności biologicznej na obszarze państw członkowskich Unii Europejskiej. Zadanie to ma być realizowane poprzez
1) ochronę siedlisk zagrożonych lub/i reprezentatywnych dla poszczególnych regionów biogeograficznych zjednoczonej Europy,
2) zachowanie roślin i zwierząt rzadkich i zagrożonych na terenie Wspólnoty, realizowaną poprzez ochronę gatunkową i/lub ochronę ich siedlisk.
Pod pojęciem siedliska przyrodniczego rozumie się obszar lądowy lub wodny, naturalny lub półnaturalny, wyodrębniony w oparciu o cechy geograficzne, abiotyczne i biotyczne, posiadający swoistą strukturę i sposób funkcjonowania. Przykładami siedlisk przyrodniczych są m.in.: murawy kserotermiczne, łąki selernicowe, wydmy śródlądowe z murawami napiaskowymi, torfowiska przejściowe i trzęsawiska, bory i lasy bagienne, łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe, jaskinie nieudostępnione do zwiedzania i in.
Właściwy stan siedliska to taki, w którym naturalny zasięg siedliska oraz tereny mieszczące się w obrębie tego zasięgu są stałe lub zwiększają się, specyficzna struktura i funkcje konieczne do jego długotrwałego zachowania istnieją i będą istnieć w dającej się przewidzieć przyszłości, a stan tworzących go gatunków roślin lub zwierząt jest właściwy.
Stan gatunku jest właściwy, jeżeli spełnione są następujące kryteria: dane o dynamice liczebności populacji tego gatunku wskazują, że gatunek utrzymuje się w skali długoterminowej jako trwały składnik swojego siedliska, zasięg gatunku nie zmniejsza się ani też nie ulegnie zmniejszeniu w dającej się przewidzieć przyszłości oraz istnieje i będzie istniało w przyszłości siedlisko wystarczająco duże, aby utrzymać te populacje przez dłuższy czas.
Zagrożenie siedlisk przyrodniczych wynika przede wszystkim z przemian środowiska abiotycznego w wyniku działalności człowieka, szczególnie urbanizacji i industrializacji, a także generalnych zmian w polityce rolnej. W mniejszym stopniu z bezpośredniej eksploatacji zbiorowisk. Ocenę zagrożeń siedlisk przyrodniczych można szacować na podstawie przekształceń stwierdzonych w poszczególnych zbiorowiskach roślinnych, a zwłaszcza obserwowanych procesów ich degradacji, czy zmniejszania powierzchni.
Dotychczas ochrona siedlisk była w Polsce realizowana pośrednio, poprzez różne formy ochrony obszarowej. Parki narodowe zabezpieczają całe ekosystemy, rezerwaty powoływane są dla ochrony poszczególnych zbiorowisk leśnych, zespołów torfowiskowych czy muraw kserotermicznych. Najczęściej stosowano w nich ochronę bierną, która jest właściwym sposobem ochrony jedynie ekosystemów naturalnych. W przypadku półnaturalnych natomiast, konieczna jest ochrona czynna. Hamuje ona przede wszystkim procesy spontanicznej sukcesji, które prowadzą do przemian wewnątrz zbiorowisk roślinnych, a następnie przekształcanie się ich w inne – ostatecznie w zarośla i zbiorowiska leśne.
Sama Dyrektywa Siedliskowa nie narzuca państwom członkowskim sposobu ochrony siedlisk przyrodniczych, wymaga jedynie, aby nie pogorszył się ich stan, ani nie zmniejszył areał w wytypowanych obszarach Natura 2000. Trzeba tu wyraźnie podkreślić, że ochrona siedlisk w ramach sieci nie oznacza wyłączenia ich z użytkowania gospodarczego. W przypadku siedlisk półnaturalnych jest to oczywiste, gdyż ich istnienie zależy od prowadzenia gospodarki rolnej. Modyfikacjom może podlegać czas, zakres lub sposób wykonywania poszczególnych działań. Jednym z narzędzi pomocnym w ochronie siedlisk jest Plan ochrony dla obszaru Natura 2000 lub jego części, który m. in. zawiera: opis granic obszaru i mapę obszaru Natura 2000; identyfikację istniejących i potencjalnych zagrożeń dla zachowania właściwego stanu ochrony siedlisk przyrodniczych, oraz gatunków roślin i zwierząt i ich siedlisk będących przedmiotami ochrony; określenie warunków utrzymania lub odtworzenia właściwego stanu ochrony przedmiotów ochrony obszaru Natura 2000; wskazania do zmian w istniejących studiach uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego gmin, miejscowych planach zagospodarowania przestrzennego; określenie działań ochronnych dla utrzymania lub odtworzenia właściwego stanu ochrony przedmiotów ochrony obszaru Natura 2000, ze wskazaniem podmiotów odpowiedzialnych za ich realizację; określenie sposobów monitoringu realizacji zadań ochronnych oraz ich skutków.
Kolejnym narzędziem służącym do ochrony siedlisk są procedury przeprowadzania ocen oddziaływania na środowisko. Dyrektywa Siedliskowa wymaga natomiast, aby wszystkie, najmniejsze nawet, przedsięwzięcia mogące znacząco oddziaływać na obszar Natura 2000, podlegały ocenie oddziaływania na ten obszar.
Innym narzędziem chroniącym siedliska przyrodnicze jest finansowanie kosztów wdrażania i funkcjonowania sieci. Można wymienić tu płatności w ramach programu rolnośrodowiskowego z następujących pakietów: Pakiet 3. Ekstensywne trwałe użytki zielone na obszarach Natura 2000, gdzie przysługuje płatność w wysokości 500 zł/ha trwałego użytku zielonego, Pakiet 4. i 5. Ochrona zagrożonych ptaków i siedlisk przyrodniczych poza obszarami Natura 2000 i na obszarach Natura 2000. Przy tych pakietach wysokość płatności uzależniona jest od realizacji poszczególnych wariantów i wynosi od 550 - 1390 zł /ha trwałego użytku zielonego. Należy w tym miejscu zaznaczyć, że realizacja powyższych pakietów obwarowana jest określonymi dla wariantu wymogami, natomiast płatności w ramach tych pakietów są rekompensatą za przestrzeganie tych wymogów w celu zachowania i ochrony siedlisk przyrodniczych.