KRUS nie korzysta też ze stałej wymiany informacji z instytucjami państwowymi (m.in. z ARiMR, ZUS czy też NFZ), choć mógłby dzięki temu skuteczniej weryfikować, czy poszczególne osoby mają prawo do ubezpieczenia w Kasie. Tymczasem w trakcie kontroli inspektorzy NIK uzyskali dane z Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, które pozwoliły ujawnić osoby nieprowadzące działalności rolniczej, a co za tym idzie nieposiadające prawa do ubezpieczenia w KRUS. Dotyczyło to 67 z 238 losowo zweryfikowanych osób. Kontrolerzy stwierdzili także, że w przypadku poszczególnych osób do NFZ wpływały składki zdrowotne jednocześnie z ZUS i KRUS. W 31% zbadanych przypadków (27 z 86 spraw) wynikało to z błędów popełnionych przez urzędników rolniczej kasy.
Pomimo działań podejmowanych przez centralę KRUS koszty obsługi ubezpieczenia w jednostkach terenowych są wciąż zbyt wysokie. Przeciętne wynagrodzenie w latach 2008-2011 wzrosło o 34% przy spadku zatrudnienia o 2,8%. W 2011 r. wynagrodzenia pracowników pochłonęły w sumie 327 mln zł. W tym samym okresie liczba świadczeniobiorców i ubezpieczonych spadła jednak o ponad 6%. Zdaniem Izby KRUS powinien wziąć te dane pod uwagę przy wyznaczaniu limitów zatrudnienia. Kasa przyjęła już ten wniosek do realizacji.
Kontrola NIK wykazała w KRUS wieloletnie opóźnienia w realizacji projektów informatycznych. Kasa podjęła się modernizacji swoich systemów, ale nie przeprowadziła wcześniej analizy relacji wydatków do przewidywanych korzyści. Powstałe opóźnienia wynikały głównie ze stopnia złożoności procedur wymaganych przez finansujący to przedsięwzięcie Bank Światowy.