Zadaniem Funduszu będzie finansowanie projektów związanych z rozwojem elektromobilności oraz transportu opartego na paliwach alternatywnych. Natomiast środki, które otrzyma NFOŚiGW, służyć będą realizacji projektów mających na celu zmniejszenie lub uniknięcie szkodliwej emisji substancji gazowych, stałych i ciekłych powodujących zanieczyszczenie powietrza. Dokument został przyjęty przez Stały Komitet Rady Ministrów 2 marca 2018 r.
Dzięki Funduszowi będą finansowane projekty wymienione m.in. w Planie Rozwoju Elektromobilności w Polsce, Krajowych Ramach Polityki Rozwoju Infrastruktury Paliw Alternatywnych oraz ustawie o elektromobilności i paliwach alternatywnych.
Wsparcie w ramach Funduszu otrzymają zarówno inicjatywy związane z rozwojem elektromobilności (czyli pojazdy napędzane energią elektryczną), jak i transportem opartym na paliwach alternatywnych m.in. CNG, LNG. Przychody Funduszu będą stanowiły m.in. wpływy z tytułu opłaty zastępczej, które do tej pory były przekazywane do NFOŚiGW oraz część dotacji celowej z budżetu państwa w ramach wpływów z podatku akcyzowego.
Zakres projektów, które mogą otrzymać dofinansowanie jest bardzo szeroki – wspierani mogą być m.in. producenci środków transportu, samorządy inwestujące w czysty transport publiczny, wytwórcy biokomponentów, jak i podmioty chcące zakupić nowe pojazdy. Fundusz wspiera także promocję i edukację w zakresie wykorzystania paliw alternatywnych w transporcie.
Ze względów organizacyjnych oraz doświadczenia w prowadzeniu podobnych inicjatyw, zarządzanie Funduszem powierzono NFOŚiGW. Dysponentem Funduszu jest Minister Energii. Natomiast trzecim uczestnikiem wspierającym działanie Funduszu jest Bank Gospodarstwa Krajowego, który zapewnia obsługę bankową.
Nowelizacja ustawy zakłada wprowadzenie opłaty emisyjnej w wysokości 80 zł od 1000 l wprowadzonych na polski rynek: benzyny silnikowej i oleju napędowego. Środki z opłaty emisyjnej stanowić będą dochód NFOSiGW (85%) i Funduszu Niskoemisyjnego Transportu (15%).
Wprowadzenie opłaty emisyjnej nie powinno skutkować bezpośrednim wzrostem cen dla klientów detalicznych. Koszty opłaty rozłożone będą na podmioty zaangażowane w rozwój i wprowadzenie alternatywnych, czystych technologii w transporcie.